በ ITS1 እና ITS2 መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ITS1 በ eukaryotes ውስጥ በ18S እና 5.8S አር ኤን ኤ ጂኖች መካከል የሚገኝ የጠፈር ዲ ኤን ኤ ሲሆን ITS2 ደግሞ በ eukaryotes ውስጥ በ5.8S እና 28S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ ስፔሰር ኤን ኤ ነው።
Internal transcribed spacer (ITS) በአብዛኛው በትንሽ ንዑስ ራይቦሶማል አር ኤን ኤ እና በክሮሞሶም ውስጥ ባሉ ትላልቅ ንዑስ ራይቦሶማል አር ኤን ኤ ጂኖች መካከል ወይም በፖሊሲስትሮኒክ አር ኤን ኤ ቀዳሚ ትራንስክሪፕት ሞለኪውል ውስጥ የሚገኘው ስፔሰር ዲ ኤን ኤ ነው። በባክቴሪያ እና አርኬያ ውስጥ በ16S እና 23S አር ኤን ኤ ጂኖች መካከል አንድ ITS ብቻ አለ። ነገር ግን በ eukaryotes ውስጥ፣ ሁለት ITS spacer DNA አለ፡ ITS1 (በ18S እና 5 መካከል።8S አር ኤን ኤ ጂኖች) እና ITS2 (በ5.8S እና 28S rRNA መካከል)። ስለዚህ፣ ITS1 እና ITS2 በ eukaryotes ውስጥ በrRNA ጂኖች መካከል የሚገኙ ሁለት የጠፈር ዲ ኤን ኤ ናቸው።
ITS1 ምንድን ነው?
ITS1 በ eukaryotes ውስጥ በ18S እና 5.8S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ የጠፈር ኤን ኤ ነው። ITS የሚያመለክተው በአር ኤን ኤ ጂኖች መካከል የሚገኝ የማይሰራ የስፔሰር ዲ ኤን ኤ ቁራጭ ነው። ITS1 ከ ITS2 የበለጠ ርዝመት ያለው ልዩነት አለው. የ ITS1 ርዝመት ልዩነት በግምት (200-300bp) ነው። እንደ ITS1 ያሉ የአይቲኤስ ማርከሮች በተለያዩ ታክሶች መካከል ያሉ የፍየልጄኔቲክ ግንኙነቶችን በማብራራት ውጤታማነታቸውን አረጋግጠዋል። ከዚህም በላይ ITS1 spacer ዲ ኤን ኤ ከ ITS2 ስፔሰር ዲ ኤን ኤ ያነሰ ነው. ITS1 መዋቅሮች በጣም ትንሽ በሆኑ የታክሶኖሚክ ክፍሎች ብቻ ነው የተጠበቁት። እያንዳንዱ የ eukaryotic ribosomal ክላስተር ውጫዊ የተገለበጡ ስፔሰርስ (5' እና 3' ETS) የሚባሉ ክልሎችን ይይዛል።
ምስል 01፡ ITS1 ክልል
ITS1 ስፔሰር ዲ ኤን ኤ ወደ 5'ውጫዊ የተገለበጠ spacer (5' ETS) በጣም ቅርብ ነው። በተጨማሪም፣ ማንም ሰው የITS1 ክልልን ለሥነ-ሥርዓታዊ ግንኙነት ጥናቶች ማጉላት ከፈለገ፣ ለዚሁ ዓላማ የተለየ ፕሪመር ጥንድ (ተገላቢጦሽ እና ወደፊት ፕሪመር) መጠቀም አለባቸው። ITS1 ክልልን ለማጉላት በ PCR የላቦራቶሪዎች ፕሮቶኮሎች ውስጥ ሁለት የፕሪመር ስብስቦች በመደበኛነት ጥቅም ላይ ይውላሉ። እነሱ ITS1 ወደፊት እና ITS2 ተቃራኒ ወይም ITS1 አስተባባሪ እና ITS4 ተቃራኒ ናቸው።
ITS2 ምንድን ነው?
ITS2 በ eukaryotes ውስጥ በ5.8S እና 28S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ የጠፈር ኤን ኤ ነው። ITS2 ክልል ከ ITS1 ክልል ይልቅ አጭር ርዝመት ልዩነት አለው. የ ITS2 ርዝመት ልዩነት በግምት (180-240bp) ነው። ሆኖም፣ ITS2 ክልል በብዙ የታክሶኖሚክ ክፍሎች ውስጥ ከ ITS1 ክልል የበለጠ የተጠበቀ ነው። ሁሉም የ ITS2 ቅደም ተከተሎች የሁለተኛውን መዋቅር የጋራ እምብርት እንደሚጋሩ ይለያል። በተጨማሪም ፣ 40% ITS2 ክልል በሁሉም angiosperms መካከል ተጠብቆ ይገኛል ፣ 50% የ ITS2 ክልል በቤተሰብ እና በከፍተኛ ደረጃ ማመጣጠን ይቻላል ።
ምስል 02፡ ITS2 ክልል
የመጠበቅ ወሰን ምንም ይሁን ምን የITS2 ክልል አጠቃቀም እንደ ITS1 ክልል በፋይሎጄኔቲክ ግንኙነት ጥናቶች በተለይም በፈንገስ ዲ ኤን ኤ ባርኮዲንግ በጣም ታዋቂ ነው። ITS2 ክልልን ለማጉላት አንድ የተወሰነ የፕሪመር ስብስብ በአጠቃላይ በ PCR የላቦራቶሪዎች ፕሮቶኮሎች ውስጥ ጥቅም ላይ ይውላል። ያ ITS1 foward እና ITS4 ተቃራኒ ነው። ነገር ግን PCR ፕሮቶኮል ይህን የፕሪመር ስብስብ ሲጠቀም ITS1 ክልልን ከ ITS2 ክልል ጋር ያጎላል። በተጨማሪም የITS2 ስፔሰር ዲ ኤን ኤ ከ3'ውጫዊ የተገለበጠ spacer (3' ETS) ጋር በጣም ቅርብ ነው።
በITS1 እና ITS2 መካከል ያሉ ተመሳሳይነቶች
- ITS1 እና ITS2 በአር ኤን ኤ ጂኖች መካከል የሚገኙ ሁለት ስፔሰር ዲ ኤን ኤ ናቸው።
- በ eukaryotes ብቻ ይገኛሉ።
- ሁለቱም የተወሰኑ ፕሪመር ጥንዶችን በመጠቀም ማጉላት ይቻላል።
- ሁለቱም በ rRNA ብስለት እንደ የማይሰሩ ተረፈ ምርቶች ተቆርጠዋል።
- ሁለቱም ለሥነ-ሥርዓተ-ፆታ ግንኙነት ጥናቶች በተለይም በፈንገስ ዲ ኤን ኤ ባርኮዲንግ ላይ በጣም አስፈላጊ ናቸው።
በITS1 እና ITS2 መካከል ያለው ልዩነት
ITS1 በ eukaryotes ውስጥ በ18S እና 5.8S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ የጠፈር ዲ ኤን ኤ ሲሆን ITS2 ደግሞ በ eukaryotes ውስጥ በ5.8S እና 28S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ የጠፈር ዲ ኤን ኤ ነው። ስለዚህ, ይህ በ ITS1 እና ITS2 መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው. በተጨማሪም ITS1 ከ ITS2 ጋር ሲነጻጸር የበለጠ የርዝማኔ ልዩነት አለው. በሌላ በኩል, ITS2 ከ ITS1 ጋር ሲነጻጸር አጭር ርዝመት ልዩነት አለው. ይህ በITS1 እና ITS2 መካከል ያለው ሌላ ልዩነት ነው።
ከታች ያለው ኢንፎግራፊ በITS1 እና ITS2 መካከል ያለውን ልዩነት በጎን ለጎን ለማነፃፀር በሰንጠረዥ መልኩ ይዘረዝራል።
ማጠቃለያ - ITS1 vs ITS2
የውስጥ የተገለበጠ ክልል (አይቲኤስ) የማይሰራ የስፔሰር ዲ ኤን ኤ በአር ኤን ኤ ጂኖች መካከል የሚገኝ ነው። በባክቴሪያ እና በአርኪያ ውስጥ አንድ ነጠላ ITS ክልል ብቻ አለ.ነገር ግን በ eukaryotes ውስጥ ሁለት ITS ክልሎች አሉ ITS1 እና ITS2. ITS1 በ eukaryotes ውስጥ በ18S እና 5.8S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ ስፔሰር ዲ ኤን ኤ ሲሆን ITS2 ደግሞ በ eukaryotes ውስጥ በ5.8S እና 28S rRNA ጂኖች መካከል የሚገኝ የጠፈር ዲ ኤን ኤ ነው። ስለዚህ፣ ይህ በITS1 እና ITS2 መካከል ያለው ልዩነት ማጠቃለያ ነው።
