በዲኤንቲፒ እና በዲኤንቲፒ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ዲኤንቲፒ ወይም ዲኦክሲራይቦኑክሊዮታይድ የዲኤንኤ ህንጻዎች ሲሆኑ በፔንታስ ስኳር መዋቅር ላይ 3′-OH ቡድን ሲኖራቸው ddNTP ወይም dideoxynucleoside triphosphates ደግሞ 3′-OH ቡድን የሌላቸው ኑክሊዮታይዶች ሲሆኑ እነሱም የተለያየ ርዝመት ያላቸውን የዲ ኤን ኤ ቅደም ተከተሎችን ለማምረት በሳንገር ዲኦክሲ ዲኤንኤ ሴኬቲንግ ቴክኒክ ጥቅም ላይ ይውላሉ።
dNTP እና ddNTP ኑክሊዮታይድ ናቸው። dNTP የሚያመለክተው ዲኦክሲራይቦዝ ኑክሊዮታይድ ነው። እነሱ የዲ ኤን ኤ ህንጻዎች ናቸው. ዲኤንቲፒዎች ዲኤንኤን ለማዋሃድ ያገለግላሉ። በሌላ በኩል dNTP የሚያመለክተው dideoxynucleoside triphosphates ነው። በተለያየ ርዝመት ውስጥ የዲኤንኤ ውህደትን ለማቋረጥ በሳንገር ቅደም ተከተል ጥቅም ላይ ይውላሉ.በ 3 ቦታ ላይ የኦኤች ቡድን ይጎድላቸዋል። ከኦኤች ቡድን ይልቅ ሃይድሮጂን በ 3 ኛው ቦታ ላይ ይገኛል። ስለዚህ፣ዲኤንቲፒዎች ከሚቀጥለው ኑክሊዮታይድ ጋር የፎስፎዲስተር ትስስር መፍጠር አይችሉም። dNTP የዲኤንኤ ውህደት ማከናወን የሚችል ሲሆን ddNTP ደግሞ የዲኤንኤ ፖሊመሬዜሽን ማቆም ይችላል።
dNTP ምንድን ነው?
dNTP ዲኦክሲራይቦዝ ኑክሊዮታይድ ወይም ዲኦክሲራይቦኑክሊዮታይድ ማለት ነው። የዲ ኤን ኤ ሕንጻ ነው። አራት ዓይነት ዲኤንቲፒዎች አሉ። እነሱም dATP፣dTTP፣dCTP እና dGTP ናቸው። በፕዩሪን ወይም በፒሪሚዲን ናይትሮጅን መሠረት ይሰየማሉ፡ Adenine (A)፣ Guanin (G)፣ Thymine (T) እና Cytosine (C)።
ምስል 01፡ dNTP
አዲኒን እና ጉዋኒን የፑሪን መሰረት ሲሆኑ ታይሚን እና ሳይቶሲን የፒሪሚዲን መሰረት ናቸው። የዲኤንቲፒ የፔንቶዝ ስኳር ዲኦክሲራይቦዝ ነው።በተጨማሪም የፎስፌት ቡድን አለ. ስለዚህ, dNTP በሶስት ክፍሎች የተዋቀረ ነው-ናይትሮጅን መሰረት, ዲኦክሲራይቦዝ ስኳር እና የፎስፌት ቡድን. እነዚህ ዲኤንቲፒዎች በፎስፎዲስተር ቦንድ በኩል እርስ በርስ ይጣመራሉ። በዲኤንቲፒዎች ውስጥ፣ በሚቀጥለው ኑክሊዮታይድ ውስጥ ካለው 5′ ካርቦን ጋር ከተያያዘው የፎስፌት ቡድን ጋር ግንኙነት ለመፍጠር የሚያስፈልግ የፔንቶስ ስኳር ቦታ 3 ጋር የተያያዘ የOH ቡድን አለ። ሁሉም ዲኤንቲፒዎች ይህ 3′ -OH ቡድን ስላላቸው፣ የዲኤንኤ ገመዶችን ማዋሃድ እና ማራዘም ይችላሉ። ስለዚህ ዲኤንቲፒ እንደ የዲኤንኤ እና የጂኖች ኬሚካላዊ ቁስ አካል ሆኖ ይሠራል። የዲኤንኤ ውህደት ሁል ጊዜ ከ5′ ወደ 3′ ይቀጥላል።
DdNTP ምንድን ነው?
የሳንገር ቅደም ተከተል በ1977 በፍሬድሪክ ሳንግገር እና በኮሌጆቹ የተሰራ የDNA sequencing የመጀመርያው ትውልድ ነው።ይህም ቻይን ተርሚኔሽን ሴኬንሲንግ ወይም Dideoxy sequencing በመባልም ይታወቃል የዚህ ዘዴ መሰረታዊ መርህ dideoxynucleoside triphosphates በመጠቀም ሰንሰለት ማቆም ነው። (ddNTPs)። ddNTPs በሳንገር ቅደም ተከተል ውስጥ ጥቅም ላይ የሚውሉ ኑክሊዮታይዶች ናቸው።የሳንገር ቅደም ተከተል በዲኤንቲፒዎች ምርጫ ውህደት እና የዲኤንኤ ውህደት በብልት ዲኤንኤ መባዛት ላይ የተመሰረተ ነው። የዲዲኤንቲፒ ልዩ ባህሪ በ5′ ፎስፌት ቡድን መካከል የፎስፌትስተር ቦንድ ምስረታ እንዲቀጥል በፔንቶስ ስኳር ላይ 3′-OH ቡድን ማጣታቸው ነው። ስለዚህ፣ አንዴ ዲኤንቲፒ ከተዘረጋው ፈትል ጋር ከተያያዘ፣ የሰንሰለት ማራዘሚያ ይቆማል እና ከዚያ ነጥብ ይቋረጣል። ddNTPs በሳንገር ቅደም ተከተል ዘዴ ወቅት የዲኤንኤ ፖሊሜሬዝ ሰንሰለትን የሚያራዝሙ አጋቾች ሆነው ይሠራሉ።
ምስል 02፡ ddNTP
አራት ዲኤንቲፒዎች አሉ፡ ddATP፣ ddCTP፣ ddGTP እና ddTTP በሳንገር ቅደም ተከተል። እነዚህ ኑክሊዮታይዶች በማደግ ላይ ባለው የዲ ኤን ኤ ውስጥ ሲካተቱ የዲኤንኤ መባዛት ሂደትን ያቆማሉ። በውጤቱም, የሳንገር ቅደም ተከተል የተለያየ ርዝመት ያለው አጭር ዲ ኤን ኤ ይፈጥራል. Capillary gel electrophoresis እነዚህን አጭር የዲ ኤን ኤ ክሮች በመጠን በጄል ላይ ለማደራጀት ይጠቅማል። ዲኤንቲፒዎች የዲኤንኤውን ቅደም ተከተል በቀላሉ ለመተንተን በተለያዩ ቀለማት በሬዲዮአክቲቭ ወይም በፍሎረሰንትነት ምልክት ተደርጎባቸዋል። ጄል በመተንተን ያልታወቀ የዲ ኤን ኤ ፈትል የኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተል ሊታወቅ ይችላል።
በዲኤንቲፒ እና በዲዲኤንቲፒ መካከል ያሉ ተመሳሳይነቶች ምንድን ናቸው?
- ሁለቱም dNTP እና ddNTP በሳንገር ቅደም ተከተል ውስጥ ጥቅም ላይ ይውላሉ።
- አራት አይነት dNTPs እና ddNTPs አሉ።
- እነሱም በሶስት አካላት የተዋቀሩ ናቸው፡- ናይትሮጂን ያለው መሰረት፣ ዲኦክሲራይቦዝ ስኳር እና ፎስፌት ቡድኖች።
በdNTP እና DdNTP መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
dNTP የዲኤንኤ ጡቦች ከሆኑት ከአራቱ የዲኦክሲራይቦኑክሊዮታይድ ዓይነቶች አንዱ ነው። ddNTP በሳንገር ቅደም ተከተል ቴክኒክ ውስጥ ጥቅም ላይ ከሚውሉት አራት የ dideoxyribonucleoside triphosphates አንዱ ነው። dNTP በፔንቶስ ስኳር ላይ 3′-OH ቡድን ሲኖረው ddNTP በፔንቶስ ስኳር ላይ 3′-OH ቡድን የለውም።ስለዚህ፣ ይህ በዲኤንቲፒ እና በዲኤንቲፒ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው። ከዚህም በላይ ዲኤንቲፒዎች የዲኤንኤ ፖሊሜራይዜሽን ሲያካሂዱ ዲኤንቲፒዎች የዲኤንኤ ፖሊመራይዜሽን ያቋርጣሉ። ስለዚህ ይህ በዲኤንቲፒ እና በዲኤንቲፒ መካከል ያለው ሌላ ትልቅ ልዩነት ነው።
ከታች ያለው ኢንፎግራፊክ በዲኤንቲፒ እና በዲኤንቲፒ መካከል ያሉ ልዩነቶችን በሰንጠረዥ ይዘረዝራል።
ማጠቃለያ – dNTP vs DdNTP
መደበኛ ዲኤንቲፒዎች የዲኤንኤ ጡቦች ሲሆኑ ዲኤንቲፒዎች በሳንገር ቅደም ተከተል ቴክኒክ ውስጥ ኑክሊዮታይድ ናቸው። dNTP 3′-OH ሲኖረው ddNTP 3′-OH ይጎድለዋል። ስለዚህ፣ ይህ በዲኤንቲፒ እና በዲኤንቲፒ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው። ከዚህም በላይ ዲኤንቲፒ የዲኤንኤ ፈትል ሊፈጥር ይችላል፣ ddNTP ደግሞ የዲኤንኤ ፖሊሜራይዜሽን ሊያቋርጥ ይችላል። ስለዚህ, ddNTPs የተለያየ ርዝመት ያላቸው የተለያዩ የዲ ኤን ኤ ክሮች ለማምረት በሳንገር ቅደም ተከተል ጥቅም ላይ ይውላሉ. በ Sanger ቅደም ተከተል፣ ሁለቱም dNTP እና ddNTP ተካተዋል።
