ቁልፍ ልዩነት – SYBR አረንጓዴ vs ታቅማን
SYBR አረንጓዴ እና ታቅማን የእውነተኛ ጊዜ PCRን የማጉላት ሂደትን ለመለየት ወይም ለመመልከት የሚጠቅሙ ሁለት ዘዴዎች ናቸው። SYBR አረንጓዴ በኑክሊክ አሲድ ቀለም ቀለም ላይ የተመሰረተ ዘዴ ሲሆን ታክማን ደግሞ በሃይድሮሊሲስ ምርመራ ላይ የተመሰረተ ዘዴ ነው. ሁለቱም ቴክኖሎጂዎች በ PCR ጊዜ ፍሎረሰንት ለመፍጠር የተነደፉ ናቸው, ይህም የእውነተኛ ጊዜ PCR ማሽን በ "እውነተኛ ጊዜ" ውስጥ ያለውን ምላሽ ለመቆጣጠር ያስችላል. የ SYBR አረንጓዴ ዘዴ የሚከናወነው SYBR አረንጓዴ በሚባለው የፍሎረሰንት ቀለም በመጠቀም ነው እና ማጉሊያውን ከዲ ኤን ኤ ጋር በማያያዝ ቀለሙን ይለያል። ታክማን የሚካሄደው ባለሁለት ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎችን በመጠቀም ሲሆን ማጉላቱን በታክ ፖሊሜሬዝ በመቀነስ እና የፍሎሮፎርን ልቀቶች በመለየት ነው።ይህ በSYBR አረንጓዴ እና በታቅማን መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው።
SYBR አረንጓዴ ምንድን ነው?
SYBR አረንጓዴ ኑክሊክ አሲዶችን ለመበከል የሚያገለግል የፍሎረሰንት ቀለም ነው፣በተለይ በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ ባለ ሁለት ገመድ ያለው ዲ ኤን ኤ። የSYBR አረንጓዴ ዘዴ PCR ምርቶችን በእውነተኛ ጊዜ PCR ጊዜ ለመለካት ጥቅም ላይ ይውላል። አንዴ ከዲኤንኤ ጋር ከተጣመረ በኋላ የተፈጠረው የዲኤንኤ-ቀለም ስብስብ ሰማያዊ ብርሃንን ይቀበላል እና ኃይለኛ አረንጓዴ ብርሃን ያመነጫል። ይህ የሚከሰተው በዲ ኤን ኤ ጋር በማያያዝ በቀለም ሞለኪውል ውስጥ በሚፈጠረው መዋቅራዊ ለውጥ ምክንያት ነው። PCR ብዙ እና ብዙ ዲ ኤን ኤ ሲፈጥር፣ ብዙ ቀለም ያላቸው ሞለኪውሎች ከዲኤንኤ ጋር ይተሳሰራሉ፣ ይህም የበለጠ ፍሎረሰንት ይፈጥራል። ስለዚህ, ፍሎረሰንት በ PCR ምርት ክምችት ይጨምራል. ስለዚህ የ PCR ምርት መጠን በ SYBR አረንጓዴ ፍሎረሰንት ማወቂያ በቁጥር ሊለካ ይችላል።
SYBR አረንጓዴ ቀለም በሳይቶሜትሪ እና በፍሎረሰንት ማይክሮስኮፒ ውስጥ ለዲኤንኤ መለያም ሊያገለግል ይችላል። ኤቲዲየም ብሮሚድ በጄል ኤሌክትሮፊዮራይዝስ ውስጥ በዲኤንኤ እይታ ወቅት የካንሰር አመንጪ የሆነ ቀለም ስለሆነ ኤቲዲየም ብሮሚድ በተሳካ ሁኔታ በSYBR አረንጓዴ ተተክቷል።
የSYBR አረንጓዴ ዘዴ ጥቅሞች እና ጉዳቶች አሉ። ይህ ዘዴ በጣም ስሜታዊ, ርካሽ እና ለመጠቀም ቀላል ነው. ነገር ግን፣ ከማንኛውም ባለ ሁለት ገመድ ዲ ኤን ኤ ጋር የማገናኘት ችሎታ ስላለው፣ ልዩ ያልሆነ ትስስር የ PCR ምርትን ከመጠን በላይ የመጠን ሁኔታን ያስከትላል።
ምስል 01፡ SYBR አረንጓዴ ቴክኒክ
ተቅማን ምንድን ነው?
Taqman የእውነተኛ ጊዜ PCR ሂደትን ለመከታተል የSYBR አረንጓዴ አማራጭ ዘዴ ነው። ይህ ዘዴ በ 5 '- 3' exonuclease Taq polymerase ኤንዛይም ላይ የሚመረኮዝ ሲሆን አዲሱን ክር ማራዘሚያ እና ፍሎሮፎር በሚለቀቅበት ጊዜ መመርመሪያዎችን ይቀንሳል. በዚህ ዘዴ ውስጥ ባለ ሁለት ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎች ጥቅም ላይ ይውላሉ እና በፕሮብስ ሃይድሮሊሲስ ላይ የተመሰረተ ነው. መመርመሪያዎች በ 5' መጨረሻ ላይ የፍሎረሰንት ዘጋቢ ሞለኪውል (ፍሎሮፎር) እና በ 3' መጨረሻ ላይ የኩንቸር ሞለኪውል ያለው ዲ ኤን ኤ oligonucleotides በፍሎረሰንት ተለጥፏል።እነሱ የተነደፉት ከፕሪመር አንሶላዎች ተቃራኒው በኩል ካለው ነጠላ ገመድ አብነት ጋር ለማያያዝ ነው። ታክ ፖሊሜሬሴ ኑክሊዮታይድን ወደ ፕሪመር ያክላል እና አዲሱን ፈትል ወደ ባለሁለት ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎች ያራዝመዋል። አንዴ ታክ ፖሊሜሬዝ መፈተሻውን ካገኘ በኋላ፣ የ Taq polymerase exonuclease እርምጃ ያንገበገበው እና መፈተሻውን ዝቅ ያደርገዋል። የአዲሱን ፈትል ውህደት ከጨረሰ በኋላ ምርመራው ሙሉ ለሙሉ መበላሸት እና ፍሎሮፎሩን ይለቀቃል. የፍሎረፎረስ መለቀቅ ፍሎረሰንት ይፈጥራል። የፍሎረሰንት ኩንቸር ሞለኪውል የሚወጣውን ብርሃን በብቃት ያጠፋል እና የ PCR ምርትን ለመለካት ውጤቱን ይፈጥራል። የፍሎሮፎሮች መለቀቅ እና የ PCR ምርቶች ብዛት ተመጣጣኝ ነው። ስለዚህ፣ መጠኗ በቀላሉ በታቅማን ዘዴ ሊከናወን ይችላል።
ምስል 02፡ የታቅማን ዘዴ
Taqman ዘዴ በእውነተኛ ጊዜ PCR፣ የጂን አገላለጽ መጠን፣ የጄኔቲክ ፖሊሞፈርፊሞችን መለየት፣ የክሮሞሶም ዲ ኤን ኤ ስረዛዎችን መጠን መለየት፣ ባክቴሪያል መለየት፣ የማይክሮአረይ ትንተና ማረጋገጥ፣ SNP ጂኖቲፒንግ ወዘተ. ጥቅም ላይ ይውላል።
በSYBR አረንጓዴ እና ታቅማን መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
SYBR አረንጓዴ vs ታቅማን |
|
| SYBR አረንጓዴ በዲኤንኤ ማሰሪያ ቀለም ላይ የተመሰረተ ነው። | Taqman በማዳቀል መመርመሪያዎች እና ከ5' እስከ 3' exonuclease በታቅ ፖሊሜሬሴ እንቅስቃሴ ላይ የተመሰረተ ነው። |
| Fluorescently Labeled Probes | |
| ምንም የፍሎረሰንት ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎች አያስፈልጉም። | በሁለት ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎች ያስፈልጋሉ። |
| Multiplex Gene Analysis | |
| ለብዙ ጂን ኢላማዎች መጠቀም አይቻልም። | ለብዙ ጂን ኢላማዎች ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል። |
| ወጪ | |
| ይህ በጣም ውድ ነው። | ይህ የበለጠ ውድ ነው። |
| ልዩነት | |
| ይህ ብዙም የተለየ አይደለም እና ከማንኛውም ባለ ሁለት ፈትል ዲ ኤን ኤ ጋር ይያያዛል። | እነዚህ በጣም የተለዩ ናቸው ምክንያቱም መመርመሪያዎች ልዩ የማጉላት ምርቶችን ስለሚያገኙ። |
| ውጤታማነት | |
| ይህ ውጤታማነቱ ያነሰ ነው። | ይህ በጣም ውጤታማ ነው። |
| መተግበሪያ | |
| ይህ በእውነተኛ ጊዜ PCR፣ agarose gel visualization፣ DNA labeling ወዘተ ጥቅም ላይ ይውላል። | ይህ በእውነተኛ ጊዜ PCR፣ የጂን አገላለጽ መጠን፣ የጄኔቲክ ፖሊሞፈርፊሞችን መለየት፣ ወዘተ ጥቅም ላይ ይውላል። |
ማጠቃለያ - SYBR አረንጓዴ እና ታቅማን
Taqman እና SYBR አረንጓዴ በቅጽበት PCR (መጠን PCR) ውስጥ የተቀጠሩ ሁለት ዘዴዎች ናቸው። ሁለቱም ዘዴዎች የ PCR ምርትን በብቃት ለመለካት ያስችላሉ እና በፍሎረሰንት ልቀት ላይ ይተማመናሉ። የታክማን ዘዴ የተከማቸ ዲኤንኤ ለመለየት ባለሁለት ምልክት የተደረገባቸውን መመርመሪያዎች ይጠቀማል SYBR አረንጓዴ ዘዴ ደግሞ የፍሎረሰንት ቀለም ይጠቀማል። ሁለቱም እነዚህ ዘዴዎች በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ የተለያዩ አፕሊኬሽኖች አሏቸው።
