በ FASTA እና FASTQ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት FASTA ኑክሊዮታይድ ወይም ፕሮቲን ቅደም ተከተሎችን ብቻ የሚያከማች በጽሁፍ ላይ የተመሰረተ ፎርማት ሲሆን FASTQ ደግሞ ሁለቱንም ተከታታይ እና ተያያዥ የጥራት እሴቶችን የሚያከማች ነው።
ባዮኢንፎርማቲክስ ባዮሎጂካል መረጃዎችን ለመተንተን እና ለመረዳት የተለያዩ ሶፍትዌሮችን የሚጠቀም መስክ ሲሆን በተለይም የመረጃው ስብስብ ውስብስብ እና ትልቅ ነው። ይህ መስክ ባዮሎጂን፣ ኬሚስትሪን፣ ፊዚክስን፣ ኮምፒውተር ሳይንስን፣ ኢንፎርሜሽን ኢንጂነሪንግን፣ ሂሳብን እና ስታስቲክስን በማጣመር ባዮሎጂያዊ መረጃዎችን ለመተንተን እና ለመተርጎም ነው። FASTA እና FASTQ በባዮኢንፎርማቲክስ መስክ ሁለት የተከታታይ ውክልና ቅርጸቶች ናቸው ቅደም ተከተሎችን ለማስተካከል እና ለመተንተን።በእውነቱ፣ FASTQ ተከታታይ የፋይል ፎርማት ሲሆን የ FASTA ፎርማትን የተከታታይ ጥራቱን የማከማቸት አቅም ያለው ነው።
FASTA ምንድን ነው?
FASTA የዲኤንኤ እና የፕሮቲን ቅደም ተከተል አሰላለፍ ሶፍትዌር ነው። FASTA ሶፍትዌር የ FASTA ቅርጸት ይጠቀማል። እሱ የኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተሎችን ወይም የአሚኖ አሲድ (ፕሮቲን) ቅደም ተከተሎችን የሚወክል ጽሑፍ ላይ የተመሠረተ ቅርጸት ነው። እዚህ፣ ነጠላ ሆሄያት እነዚህን ቅደም ተከተሎች ይወክላሉ። FASTA በባዮኢንፎርማቲክስ እና በባዮኬሚስትሪ መስኮች ጠቃሚ መሳሪያ ነው። ይህ ቅርጸት በቅደም ተከተል ስሞች እና አስተያየቶች በቅደም ተከተል እንዲቀድሙ ያስችላል።
ስእል 01፡ FASTA ቅደም ተከተል
ይህ ቅርጸት ከ FASTA ሶፍትዌር የመጣ ሲሆን በዴቪድ ጄ. ሊፕማን እና ዊልያም አር ፒርሰን በ1985 አስተዋወቀ። የ FASTA መሳሪያ በጊዜ ሂደት ብዙ ማሻሻያ ነበረው እና አዲሱ እትም የፕሮቲን፡ ፕሮቲን፣ ዲኤንኤ ፕሮግራሞችን ያካትታል። ዲ ኤን ኤ፣ ፕሮቲን፡ የተተረጎመ ዲኤንኤ (ከፍሬምሺፍት ጋር) እና የታዘዙ ወይም ያልታዘዙ የፔፕታይድ ፍለጋዎች።FASTA የተሰጠውን ኑክሊዮታይድ ወይም አሚኖ አሲድ ቅደም ተከተል በማንበብ ተመሳሳይ የውሂብ ጎታ ተከታታዮችን ለማግኘት የአካባቢያዊ ቅደም ተከተል አሰላለፍ በመጠቀም ተዛማጅ የሆነውን ተከታታይ የውሂብ ጎታ ይፈልጋል።
FASTQ ምንድን ነው?
FASTQ በባዮኢንፎርማቲክስ መስክ ጥቅም ላይ የሚውል አሰላለፍ ሶፍትዌር ሲሆን ሁለቱንም ባዮሎጂካል ቅደም ተከተል (በተለምዶ ኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተል) እና ተዛማጅ የጥራት ነጥቦቹን ያከማቻል። FASTQ በመጀመሪያ የተሰራው በFASTA ቅርጸት የተሰራለትን ቅደም ተከተል እና ተዛማጅ የጥራት መረጃዎችን በWellcome Trust Sanger Institute ነው። በባዮኢንፎርማቲክስ መስክ በተደረገው እድገት፣ FASTQ የበርካታ ከፍተኛ-ሂደት ያላቸው የቅደም ተከተል መሣሪያዎች ውፅዓት ለማከማቸት ትክክለኛ ደረጃ ሆነ።
የ FASTQ ቅርጸት በቅደም ተከተል አራት የተለያዩ መስመሮችን ይጠቀማል። መስመር 1 በ @ ቁምፊ ይጀምራል እና በቅደም ተከተል መለያ (ከ FASTA ርዕስ መስመር ጋር ተመሳሳይ) ይከተላል። መስመር 2 ጥሬ ቅደም ተከተል ፊደሎችን ያካትታል. በመስመር 3 ውስጥ, ቅደም ተከተላቸው በ'+' ቁምፊ ይጀምራል እና እንደ አማራጭ በተመሳሳይ ተከታታይ መለያ ይከተላል.መስመር 4 በመስመር 2 ውስጥ ላለው ቅደም ተከተል የጥራት እሴቶችን ይደብቃል እና በቅደም ተከተል ውስጥ ካሉት ፊደሎች ጋር ተመሳሳይ የምልክት ብዛት ሊኖረው ይገባል።
በFASTA እና FASTQ መካከል ያሉ ተመሳሳይነቶች ምንድን ናቸው?
- FASTA እና FASTQ የአሰላለፍ መሳሪያዎች ናቸው።
- የሁለት ተከታታይ ውክልና ቅርጸቶች ናቸው።
- ሁለቱም ከባዮኢንፎርማቲክስ መስክ ጋር የተያያዙ ናቸው።
- ሁለቱም FAST እና FASTQ ለማከማቻ እና ቅደም ተከተል ዓላማዎች አስፈላጊ መሳሪያዎች ናቸው።
- FASTQ የFASTA ቅርጸት ቅጥያ ሲሆን ተከታታይ ጥራቱን የማከማቸት ችሎታ ነው።
በ FASTA እና FASTQ መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
FASTA ኑክሊዮታይድ ወይም ፕሮቲን ቅደም ተከተሎችን ብቻ የሚያከማች በጽሁፍ ላይ የተመሰረተ ቅርጸት ሲሆን FASTQ ደግሞ ሁለቱንም ተከታታይ እና ተያያዥ የጥራት እሴቶችን የሚያከማች በጽሁፍ ላይ የተመሰረተ ቅርጸት ነው። ስለዚህ, ይህ በ FASTA እና FASTQ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው. ከዚህም በላይ FASTA ካርታ ከተሰራ በኋላ ተከታታይ ቁርጥራጮችን ያከማቻል, FASTQ ደግሞ ከካርታው በፊት ተከታታይ ቁርጥራጮችን ያከማቻል.በተጨማሪም በ FASTA እና FASTQ መካከል ያለው ሌላው ልዩነት FASTA አንድ የመግለጫ መስመርን ያቀፈ ሲሆን FASTAQ ደግሞ አራት መስመሮችን ያካትታል።
ከታች ያለው ኢንፎግራፊክ በ FASTA እና FASTQ መካከል ያለውን ልዩነት በጎን ለጎን ለማነፃፀር በሰንጠረዥ ያቀርባል።
ማጠቃለያ - FASTA vs FASTQ
Bioinformatics እንደ FASTA እና FASTQ እና ሌሎችም ያሉ የተለያዩ ተከታታይ ቅርጸቶችን ይጠቀማል። FASTA ከተቀረጸ በኋላ ተከታታይ ቁርጥራጮችን ያከማቻል ፣ FASTQ ከካርታው በፊት ቅደም ተከተሎችን ያከማቻል። FASTA ለዲኤንኤ እና ለፕሮቲን ቅደም ተከተሎች አሰላለፍ ሶፍትዌር ነው። ለፕሮቲን፡ ፕሮቲን፡ ዲ ኤን ኤ፡ ዲ ኤን ኤ፡ ፕሮቲን፡ የተተረጎመ ዲኤንኤ (ከፍሬምሺፍት ጋር) እና የታዘዙ ወይም ያልታዘዙ የፔፕታይድ ፍለጋ ፕሮግራሞችን ያቀፈ ነው። FASTQ በባዮኢንፎርማቲክስ መስክ ጥቅም ላይ የሚውል አሰላለፍ ሶፍትዌር ሲሆን ሁለቱንም ባዮሎጂካል ቅደም ተከተል (በተለምዶ ኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተል) እና ተዛማጅ የጥራት ውጤቶችን ያከማቻል። FASTA አንድ የመግለጫ መስመርን ያቀፈ ሲሆን FASTQ ደግሞ አራት መስመሮችን ያቀፈ ነው። ስለዚህ, ይህ በ FASTA እና FASTQ መካከል ያለውን ልዩነት ያጠቃልላል.
