በBLAST እና FastA መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት BLAST በብሔራዊ የባዮቴክኖሎጂ መረጃ ድህረ ገጽ ላይ የሚገኝ መሰረታዊ የአሰላለፍ መሳሪያ ሲሆን FastA በአውሮፓ ባዮኢንፎርማቲክስ ኢንስቲትዩት ድረ-ገጽ ላይ የሚገኝ ተመሳሳይነት መፈለጊያ መሳሪያ ነው።
BLAST እና FastA የዲኤንኤ፣ የአሚኖ አሲዶች፣ ፕሮቲኖች እና ኑክሊዮታይድ የተለያዩ ዝርያዎችን ባዮሎጂያዊ ቅደም ተከተሎችን ለማነፃፀር እና ተመሳሳይነታቸውን ለመፈለግ በሰፊው ጥቅም ላይ የሚውሉ ሁለት ሶፍትዌሮች ናቸው። እነዚህ ስልተ ቀመሮች የተጻፉት ፍጥነትን ግምት ውስጥ በማስገባት ነው። ምክንያቱም በ1980ዎቹ አጋማሽ ላይ ሳይንቲስቶች ዲ ኤን ኤውን በቤተ ሙከራ ውስጥ ማግለል ሲችሉ ፣ለተጨማሪ ምርምር ተመሳሳይ ጂኖችን በከፍተኛ ፍጥነት ማወዳደር እና መፈለግ ያስፈልጋል።ስለዚህ እነዚህ ሁለት ሶፍትዌሮች ተጠቃሚ ተመሳሳይ ቅደም ተከተሎችን ከጥያቄ ቅደም ተከተላቸው ጋር በፍጥነት መፈለግ በሚችልበት መንገድ ተዘጋጅተዋል።
BLAST መሰረታዊ የአካባቢ አሰላለፍ መፈለጊያ መሳሪያ ምህፃረ ቃል ሲሆን ሁለቱን ቅደም ተከተሎች በማነጻጸር አካባቢያዊ የተደረገውን አካሄድ ይጠቀማል። FastA ፈጣን Aን የሚያመለክት ሶፍትዌር ሲሆን ሀ ለሁሉም የቆመ ነው። እዚህ ሶፍትዌሩ እንደ ፈጣን ኤ ለዲኤንኤ ቅደም ተከተል እና ፈጣን ፒ ለፕሮቲን ካሉ ፊደላት ጋር ይሰራል። ሁለቱም BLAST እና FastA ማንኛውንም የጂኖም ዳታቤዝ በማነፃፀር በጣም ፈጣን ናቸው እና ስለሆነም በገንዘብ እና ጊዜን በመቆጠብ ረገድ በጣም አዋጭ ናቸው።
BLAST ምንድን ነው?
BLAST በ1990 ከተሰራው በሰፊው ጥቅም ላይ ከዋሉት የባዮኢንፎርማቲክስ ሶፍትዌሮች አንዱ ነው። ከዚያን ጊዜ ጀምሮ በኤንሲቢአይ ጣቢያ ላሉ ሁሉም ሰው ይገኛል። በተጨማሪም ማንኛውም ሰው ይህን ሶፍትዌር ማግኘት እና መጠቀም ይችላል። ከዚህም በላይ BLAST የግብዓት ውሂብ ወይም ቅደም ተከተሎችን በFastA ቅርጸት የሚያስፈልገው ሶፍትዌር ነው። ነገር ግን የውጤት መረጃን በጽሑፍ፣ HTML ወይም XML ቅርጸት ይሰጣል። BLAST በሁለት ተከታታዮች እና ተመሳሳይ ቅደም ተከተሎች መካከል ያሉ አካባቢያዊ ተመሳሳይነቶችን በመፈለግ መርህ ላይ ይሰራል እና ተመሳሳይ ቅደም ተከተሎችን ይዘረዝራል እና ከዚያ በኋላ የጎረቤት ተመሳሳይነቶችን ይፈልጋል።
ሥዕል 01፡ የፈነዳ ውጤቶች
ስለሆነም ይህ ሶፍትዌር ከፍተኛ ቁጥር ያላቸውን ተመሳሳይ የአካባቢ ክልሎችን ይፈልጋል እና ውጤቱን የመነሻ እሴት ላይ ይደርሳል። ነገር ግን ይህ ሂደት ከቀደምት ሶፍትዌሮች ይለያል፣ እሱም ሁሉንም ቅደም ተከተሎች መጀመሪያ ይፈልጋል ከዚያም ንፅፅርን ያደርጋል፣ እናም ብዙ ጊዜ ወስዷል።
ከላይ ከተጠቀሰው ተመሳሳይነት ፍተሻ በተጨማሪ BLAST ሌሎች በርካታ አጠቃቀሞች አሉት ለምሳሌ የዲኤንኤ ካርታ፣ በተለያዩ ዝርያዎች ውስጥ ያሉ ሁለት ተመሳሳይ ጂኖችን ማወዳደር፣ የፍየልጄኔቲክ ዛፍ መፍጠር፣ ወዘተ
FastA ምንድን ነው?
FastA የፕሮቲን ተከታታይ አሰላለፍ ሶፍትዌር ነው። ዴቪድ ጄ ሊፕማን እና ዊልያም አር ፒርሰን ይህንን ሶፍትዌር በ1985 ገልፀውታል። ምንም እንኳን የዚህ ሶፍትዌር የመጀመሪያ ጥቅም የፕሮቲን ቅደም ተከተሎችን ለማነፃፀር ቢሆንም የተሻሻለው ስሪት የዲኤንኤ ቅደም ተከተሎችንም ማወዳደር ችሏል።እዚህ, ይህ ሶፍትዌር በሁለት ቅደም ተከተሎች መካከል ያለውን ተመሳሳይነት በስታቲስቲክስ የማግኘት መርህ ይጠቀማል. እሱ አንድ የዲኤንኤ ወይም ፕሮቲን ቅደም ተከተል ከሌላው ተከታታይ ጋር ይዛመዳል።
ስእል 02፡ FastA
ነገር ግን የአካባቢ ክልሎችን ተመሳሳይነት ይፈልጋል፣ነገር ግን በሁለት ተከታታዮች መካከል ያለውን ምርጥ ግጥሚያ አይደለም። ይህ ሶፍትዌር አንዳንድ ጊዜ የአካባቢያዊ መመሳሰሎችን ስለሚያነጻጽር፣ አለመዛመጃዎችንም ሊያመጣ ይችላል። በቅደም ተከተል, FastA k-tuples በመባል የሚታወቀው ትንሽ ክፍል ይወስዳል, ቱፕሎች ከ 1 እስከ 6 ሊሆኑ የሚችሉ እና ከሌላው ተከታታይ k-tuples ጋር ይዛመዳሉ. የማዛመጃው ሂደት ሲያልቅ፣ የመነሻ ዋጋ ላይ ሲደርስ ውጤቱን ያመጣል።
በBLAST እና FastA መካከል ያሉ ተመሳሳይነቶች ምንድን ናቸው?
- BLAST እና FastA የፕሮቲን እና የዲኤንኤ ቅደም ተከተሎችን ለተመሳሳይነት ለማነጻጸር የሚያገለግሉ ባዮኢንፎርማቲክስ መሳሪያዎች ናቸው።
- እንዲሁም ሁለቱም ፕሮግራሞች በተከታታዩ መካከል ንጽጽር ለማድረግ የውጤት አሰጣጥ ስልት ይጠቀማሉ።
- ከተጨማሪ ሁለቱም መሳሪያዎች ከፍተኛ ትክክለኛ ውጤቶችን ያመጣሉ::
በBLAST እና FastA መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
BLAST በባዮሎጂካል ቅደም ተከተሎች መካከል ያለውን ተመሳሳይነት ለመፈተሽ መሳሪያ ነው። በሌላ በኩል FastA የፕሮቲን እና የዲኤንኤ ቅደም ተከተሎችን ተመሳሳይነት ማረጋገጥን የሚያመቻች ሌላ ፕሮግራም ነው. ነገር ግን፣ ከ FastA ጋር ሲነጻጸር፣ BLAST ሶፍትዌር የበለጠ ትክክለኛ እና ፈጣን ውጤቶችን ስለሚያመጣ በጣም ታዋቂ ነው። ስለዚህ፣ ይህ በBLAST እና FastA መካከል ያለው ልዩነት ነው። በተጨማሪም፣ እንደ FastA ሳይሆን፣ የBLAST ፕሮግራም በተጠቃሚው ፍላጎት መሰረት የሚቀየር ነው። ስለዚህ፣ ይህ በBLAST እና FastA መካከል ያለው ሌላ ልዩነት ነው።
ከዚህ በታች ያለው መረጃ በBLAST እና FastA መካከል ስላለው ልዩነት ተጨማሪ ዝርዝሮችን ይሰጣል።
ማጠቃለያ - BLAST vs FastA
BLAST እና FastA ተጠቃሚው የጥያቄውን ቅደም ተከተል ባለው የመረጃ ቋቶች ውስጥ ካሉት ቅደም ተከተሎች ጋር እንዲያወዳድር እና መመሳሰሎቹን እንዲያረጋግጥ የሚፈቅዱ ሁለት ፕሮግራሞች ናቸው። የ FastA የመጀመሪያ ዓላማ የፕሮቲን ቅደም ተከተሎችን ብቻ ማወዳደር ነው። ነገር ግን፣ የተሻሻለው የዚህ ሶፍትዌር ስሪት ሁለቱንም የፕሮቲን እና የዲኤንኤ ቅደም ተከተል ንፅፅርን ያመቻቻል። ምንም እንኳን FastA ጥሩ ሶፍትዌር ቢሆንም፣ ብዙ ሰዎች BLAST alignment toolን የሚጠቀሙት እሱ በጣም ታዋቂ ስለሆነ እና ከ FastA የበለጠ ትክክለኛ እና ፈጣን ውጤቶችን ስለሚያመጣ ነው። እንዲሁም፣ BLAST መሳሪያ በተጠቃሚው መስፈርቶች መሰረት ሊቀየር ይችላል። ባጭሩ ይህ በBLAST እና FastA መካከል ያለውን ልዩነት ያጠቃልላል።
