በኮንቲግ እና ስካፎል መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ኮንቲግ ክፍተቶች የሉትም ፣እስክፎልዱ ግን ኮንቲግ እና ክፍተቶችን ያቀፈ መሆኑ ነው።
የብዙ ሴሉላር ህዋሳት የጂኖም ቅደም ተከተል ከአንድ ሴሉላር ፍጥረታት ቅደም ተከተል ጋር ሲወዳደር በጣም ከባድ ነው። ሙሉ-ጂኖም የተኩስ ሽጉጥ ቅደም ተከተል ለብዙ ሴሉላር ጂኖም ቀላል እና ፈጣን የጂኖም ቅደም ተከተል ዘዴ ነው። ብዙ ተደራራቢ የዲ ኤን ኤ ቁርጥራጮችን በትይዩ የሚይዝ ዘዴ ነው። በዚህ ዘዴ ትንንሽ ቁርጥራጮች ወደ ትላልቅ ቁርጥራጮች እና ከዚያም በኮምፒተር በመጠቀም ወደ ትላልቅ ኮንቴይነሮች ይሰበሰባሉ. ከዚያም ሾጣጣዎቹ ወደ ስካፎልዶች እና በመጨረሻም ወደ ክሮሞሶም ይሰበሰባሉ. ስለዚህ ኮንቲግ ተከታታይ የኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተሎች ሲሆን ስካፎል ደግሞ ኮንቲግ እና ክፍተቶችን ያካተተ የጂኖም ክፍል ነው።ሁለቱም ኮንቲግ እና ስካፎል እንደገና የተገነቡ የጂኖሚክ ቅደም ተከተሎች ናቸው።
ኮንቲግ ምንድን ነው?
ኮንቲግ የጂኖሚክ ቅደም ተከተል ነው። ከ A፣ C፣ G እና T መሠረቶች የተውጣጣ ተከታታይ ተከታታይ ዝርጋታ ነው። ብዙ ትናንሽ ተደራራቢ የዲ ኤን ኤ ቢትዎችን ወደ ረጅም ቅደም ተከተል በማቀናጀት ይመሰረታል። በቀላል አነጋገር ኮንቲግ የተከታታይ ቁርጥራጮች ስብስብ ነው። የማስቀጠል ፈጠራ የተከታታይ ተከታታዮች ተደራራቢ ጫፎችን የሚለዩ በአካባቢያዊ ሕብረቁምፊ ማዛመጃ እና አሰላለፍ ዘዴዎች ላይ በመመስረት የተደራረቡ ተከታታይ ቁርጥራጮችን መለየትን ያካትታል።
Contigs ክፍተቶች የሉትም። የጭስ ማውጫ አካል ነው። ቅርፊቶች ሲፈጠሩ በአንድ ሰንሰለት ታስረዋል. በጂኖም ውስጥ ስላሉት አንጻራዊ አቀማመጥ እና አቅጣጫ ተጨማሪ መረጃ ያስፈልገዋል። ክፍተቶቹ በቅርጫት ውስጥ ያሉትን ሾጣጣዎች ይለያሉ.በመሠረቱ፣ ኮንጊንግ ስብሰባ በጠቅላላ-ጂኖም የተኩስ ሽጉጥ ቅደም ተከተል አስፈላጊ እርምጃ ነው። ኮንቲግ በመጨረሻ ወደ ሙሉ የጂኖሚክ ቅደም ተከተል ይሰበሰባሉ. የኮንቲግ ስብሰባ በተለምዶ በሕብረቁምፊ ማዛመጃ እና በቅደም ተከተል አሰላለፍ ውስጥ የአልጎሪዝም ግንዛቤን ይፈልጋል።
ስካፎል ምንድን ነው?
አንድ ስካፎል ከመጨረሻ ተከታታይ ሙሉ-ጂኖም የተኩስ ሽጉጥ ክሎኖች የታደሰ የጂኖሚክ ቅደም ተከተል ነው። በመዋቅራዊ ሁኔታ, ስካፎል ኮንቴሽን እና ክፍተቶችን ያካትታል. ስካፎልዶች የሚፈጠሩት ኮንቴዎችን በአንድ ላይ በማሰር እና ክፍተቶችን በመለየት ነው። ስካፎል ፍጥረት በጂኖም ውስጥ ያሉትን የኮንጊግ አንፃራዊ አቀማመጥ እና አቅጣጫ በተመለከተ መረጃ ይፈልጋል። ሙሉ-ጂኖም የተኩስ ሽጉጥ ማሰባሰብ አላማው እያንዳንዱን የጂኖም ቅደም ተከተል በአንድ ስካፎል ውስጥ ለመወከል ነው። ግን, በጣም የሚቻል አይደለም. ስለዚህ አንድ ክሮሞሶም በበርካታ ስክሎች ሊወከል ይችላል። አንዳንድ ጊዜ ስካፎልዶች ሊደራረቡ ይችላሉ. በተጨማሪም፣ አንዳንድ ስካፎልፎች በስብሰባው ወቅት ሊጣሩ ይችላሉ።
ሥዕል 02፡ የሙሉ-ጂኖም የተኩስ ሽጉሥ አጠቃላይ እይታ
የእስካፎልድ ክፍተት ርዝመት ትክክለኛ ርዝመቱን አያሳይም። በአጠቃላይ ክፍተቶች በዘፈቀደ የተወሰኑ ቋሚ ርዝመቶች ይቀመጣሉ. ስለዚህ እነዚህ ክፍተቶች እና የርዝመታቸው እርግጠኛ አለመሆን በጂኖም ውስጥ ያሉትን ተግባራዊ አካላት ትክክለኛ የቦታ ግንኙነት እና የጎደለውን መረጃ መጠን በመረዳት ረገድ ችግር ይፈጥራሉ። አንዳንድ ጊዜ ክፍተቶች የጎደሉትን የጂኖሚክ መረጃ ይወክላሉ።
በኮንቲግ እና ስካፎልድ መካከል ያሉ ተመሳሳይነቶች ምንድን ናቸው?
- ኮንቲግ እና ስካፎልድ በኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተሎች የተዋቀሩ ጂኖሚክ ተከታታይ ናቸው።
- ስካፎልዶች ከኮንቲግ እና ክፍተቶች የተዋቀሩ ናቸው።
በኮንቲግ እና ስካፎልድ መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
አንድ ኮንቲግ ከተከታታይ ቁርጥራጮች የተሰበሰበ ቀጣይነት ያለው ቅደም ተከተል ነው።በአንጻሩ፣ ስካፎልድ ኮንጊዎችን በአንድ ላይ በማያያዝ እንደገና የተገነባ የጂኖሚክ ቅደም ተከተል ክፍል ነው። ስለዚህ, ይህ በኮንቲግ እና ስካፎል መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው. ከዚህም በላይ ኮንቲግ (ኮንቲግ) ክፍተቶች የሉትም በቅርጫት ውስጥ ያሉት ሾጣጣዎች በክፍተቶች ሲለያዩ::
ከታች የመረጃ ሥዕላዊ መግለጫዎች በኮንቲግ እና ስካፎል መካከል ተጨማሪ ልዩነቶችን ያሳያል።
ማጠቃለያ - Contig vs Scaffold
ሁለቱም ኮንቲግ እና ስካፎል በጠቅላላ ጂኖም ተከታታይ ፕሮጄክቶች ውስጥ የኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተሎችን እንደገና የተገነቡ ናቸው። ኮንቲግ A፣ C፣ G እና T መሰረቶችን ያለ ክፍተት የያዘ ተከታታይ የጂኖሚክ ቅደም ተከተል ነው። ስካፎልድ የጂኖሚክ ቅደም ተከተል ነው contigs እና ክፍተቶች. ስለዚህ፣ በጣም አጭሩ የመሰብሰቢያ አካላት ኮንቲግ ሲሆኑ፣ ስኪቶቹ ግን የኮንጊግ ስብስቦች ናቸው። በመጨረሻም, ስካፎልዶች በሙሉ-ጂኖም ቅደም ተከተል ውስጥ ወደ ክሮሞሶምች ይሰበሰባሉ.ስለዚህም ይህ በኮንቲግ እና ስካፎል መካከል ያለውን ልዩነት ያጠቃልላል።
