በነሲብ ፕሪመር እና ኦሊጎ ዲቲ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት የዘፈቀደ ፕሪመር የሁሉም ሊሆኑ የሚችሉ የሄክሳመር ኦሊጎኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተሎች ድብልቅ ሲሆን ኦሊጎ ዲቲ ፕሪመር ግን ባለ አንድ-ክር ያለው 12-18 ዲኦክሲቲሚዲኖችን የያዘ ነው።
የተገላቢጦሽ ግልባጭ ሲዲ ኤን ኤ ኤምአርኤን ወይም ማንኛውንም አይነት አር ኤን ኤ በመጠቀም ሊዋሃድ የሚችልበት ዘዴ ነው። ሲዲኤንን ለማምረት የተገላቢጦሽ ትራንስክሪፕትስ ኢንዛይም እና ሌሎች አስፈላጊ ክፍሎች በተለይም አብነት እና ፕሪመርስ መሰጠት አለባቸው። ፕሪመርስ የዒላማ ቅደም ተከተሎችን ለማጉላት በተለይ የተነደፉ አጭር የዲ ኤን ኤ ቅደም ተከተሎች ናቸው. የዘፈቀደ ፕሪመር እና ኦሊጎ ዲቲ ፕሪመርስ በግልባጭ ወደ ጽሑፍ ቅጂ የሚያገለግሉ ሁለት የተለመዱ የፕሪመር ዓይነቶች ናቸው።ስለዚህ፣ የዘፈቀደ ፕሪመር ወይም oligo dT primer የተገላቢጦሽ ግልባጭ ለመጀመር አጭር የDNA oligonucleotide ቅደም ተከተሎች ናቸው። በአር ኤን ኤ አብነት ላይ በመመስረት ከእነዚህ ሁለት የፕሪመር ዓይነቶች ውስጥ ተስማሚው ፕሪመር ሊመረጥ ይችላል።
Random Primers ምንድናቸው?
Random primer ሁሉንም ሊሆኑ የሚችሉ የሄክሳመር ቅደም ተከተሎችን የሚወክል oligonucleotides ድብልቅ ነው። የነሲብ ፕሪመር ዋና ቅደም ተከተል 5′ – d (NNNNNN) –3′ N=G፣ A፣T ወይም C ነው።ስለዚህ የዘፈቀደ ፕሪመር ነጠላ-ክር ያለው ዲኤንኤ ወይም አር ኤን በዲ ኤን ኤ ፖሊመሬሴ ወይም በግልባጭ ትራንስክሪፕትሴስ ለማጉላት ሊያገለግል ይችላል። በቅደም ተከተል. በተጨማሪም፣ የዘፈቀደ ፕሪመር ድብልቅ ሁሉንም የአር ኤን ኤ ክልሎችን በማጉላት ሲዲኤንኤን ማመንጨት ይችላል። ስለዚህ፣ የተለያየ ርዝመት ያለው ሲዲኤንኤ ይፈጥራል።
ስእል 01፡ የዘፈቀደ ፕሪመርስ
ከሁሉም በላይ፣የነሲብ ፕሪመር ድብልቅ የአብነት ልዩነትን አያሳይም። ኤምአርኤን እና ሌሎች አር ኤን ኤ ዝርያዎችን መለየት አይችልም. እና፣ በናሙናው ውስጥ ካለው ማንኛውም የአር ኤን ኤ ዝርያ ጋር ያጸዳል። ሆኖም፣ የዘፈቀደ ፕሪመር ድብልቅ አር ኤን ኤ ያለ ፖሊ(A) ጅራት በግልባጭ ለመቅዳት ተስማሚ ነው፣ እንደ አር ኤን ኤ፣ ቲ አር ኤን ኤ፣ ኮድ ያልሆኑ አር ኤን ኤዎች፣ ትናንሽ አር ኤን ኤዎች፣ ፕሮካርዮቲክ ኤምአርኤን ወዘተ፣ የተበላሸ አር ኤን ኤ እና አር ኤን ኤ ከታወቁ ሁለተኛ ደረጃ መዋቅሮች ጋር።
ኦሊጎ ዲቲ ምንድነው?
Oligo dT primer ከ12 – 18 ዲኦክሲታይሚን (ዲቲ) የተዘረጋ ነው። የፕሪመር ቅደም ተከተል እንደ 5′-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ሊወከል ይችላል። ፖሊ(A) ጅራትን ከያዘው ሲዲኤንኤ ለማምረት ያገለግላል። በመሠረቱ፣ በተገላቢጦሽ ትራንስክሪፕትስ ለተፈጠረው ምላሽ እንደ ፕሪመር ሆኖ ያገለግላል። በተገላቢጦሽ ግልባጭ ኦሊጎ ዲቲ ፕሪመር በአብዛኛዎቹ eukaryotic mRNAs 3′ ጫፍ ላይ የሚገኘው ፖሊ-adenylated ጭራ ያለው እና ሂደቱን ይጀምራል።
ስእል 02፡ Oligo dT Primerን በመጠቀም የተገላቢጦሽ ግልባጭ
ከነሲብ ፕሪመር በተቃራኒ oligo dT primer ፕሮካሪዮቲክ አር ኤን ኤ እና ማይክሮ አር ኤን ጨምሮ ፖሊ(A) ጅራት ለሌለው ለተበላሸ አር ኤን ኤ ወይም አር ኤን ኤ ተስማሚ አይደለም።
በ Random Primers እና Oligo dT መካከል ያለው ተመሳሳይነት ምንድን ነው?
- Random primer እና oligo dT primer በግልባጭ ወደ ጽሑፍ ቅጂ እና ሲዲኤን ለመስራት የሚያገለግሉ ሁለት አይነት ፕሪመር ናቸው።
- የነሲብ ፕሪመር እና ኦሊጎ ዲቲ ፕሪመርን አንድ ላይ መጠቀም የሲዲኤንኤ ውህደት ስሜትን ይጨምራል።
- እነሱ ነጠላ-ፈትል አጭር ኑክሊዮታይድ ተከታታዮች ናቸው።
በ Random Primers እና Oligo dT መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
Random primer በዘፈቀደ ቅደም ተከተል የተዋቀረ አጭር oligonucleotide ተከታታይ ነው።ይህ በእንዲህ እንዳለ፣ oligo dT primer ከ12 እስከ 18 ዲኦክሲቲሚዲኖችን የያዘ አጭር ክር ነው። ስለዚህ፣ ይህ በዘፈቀደ ፕሪመርሮች እና oligo dT መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው። የዘፈቀደ ፕሪመር ቅደም ተከተል 5′ – d (NNNNNN) –3′ N=G፣ A፣ T ወይም C ነው። ሆኖም፣ የ oligo dT primer ቅደም ተከተል 5′-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3′ ነው።. ስለዚህ፣ ይህንን እንደ ሌላ በነሲብ ፕሪመርሮች እና oligo dT መካከል ልዩነት ልንይዘው እንችላለን።
ከተጨማሪ፣ የዘፈቀደ ፕሪመርሮች የአብነት ልዩነት አያሳዩም፣ እና ከማንኛውም የአር ኤን ኤ ዝርያ ጋር ይሰርዛሉ፣ oligo dT primers ደግሞ የዩካሪዮቲክ ኤምአርኤን ፖሊ(A) ጅራቶች ልዩነት ያሳያሉ።
ከታች ያለው ኢንፎግራፊክ በዘፈቀደ ፕሪመርሮች እና oligo dT መካከል ያለውን ልዩነት ያጠቃልላል።
ማጠቃለያ - Random Primers vs Oligo dT
Random primer እና oligo dT primer በሲዲኤንአ ውህደት ውስጥ ጥቅም ላይ የሚውሉ ሁለት አይነት ፕሪመር ናቸው።የዘፈቀደ ፕሪመር ሁሉንም የሄክሳመር ቅደም ተከተሎችን የሚወክል የ oligonucleotides ድብልቅን ያቀፈ ሲሆን ኦሊጎ ዲቲ ፕሪመር ደግሞ ከ12 እስከ 18 ዲኦክሲቲሚዲን ያለው ነጠላ-ክንድ ተከታታይ ነው። ስለዚህ፣ ይህ በዘፈቀደ ፕሪመርሮች እና oligo dT መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው። በተጨማሪ፣ oligo dT primers ለአብዛኞቹ አር ኤን ኤ ጅራት በግልባጭ ለመቅዳት ጠቃሚ ናቸው፣ የዘፈቀደ ፕሪመር ግን የተበላሸ አር ኤን ኤን፣ ፖሊ(A) ጭራ የሌላቸውን አር ኤን ኤ እና አር ኤን ኤን ጨምሮ ለአብዛኞቹ የአር ኤን ኤ ዝርያዎች በግልባጭ ለመቅዳት ጠቃሚ ናቸው። ሁለተኛ ደረጃ መዋቅሮች. ስለዚህ፣ የዘፈቀደ ፕሪመር የአብነት ልዩነትን አያሳይም oligo dT primer ፖሊ(A) ጅራትን የያዘው የ eukaryotic mRNA ላይ ያለውን ልዩነት ያሳያል።
