በ UPGMA እና በአጎራባች መቀላቀያ ዛፍ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ከእያንዳንዱ ዘዴ የተገኘ የፍየልጄኔቲክ ዛፍ አይነት ነው። UPGMA ስር የሰደደ የፍየልጄኔቲክ ዛፍ የመገንባት ቴክኒክ ሲሆን ጎረቤት ዛፍን መቀላቀል ደግሞ ስር የሰደደ የፍየልጄኔቲክ ዛፍ የመገንባት ዘዴ ነው።
Fylogenetic ዛፎች በህዋሳት መካከል ያለውን የዝግመተ ለውጥ ግንኙነት የሚያሳዩ እንደ ዛፍ የሚመስሉ ሥዕላዊ መግለጫዎች ናቸው። ለዛፍ ግንባታ ጥቅም ላይ በሚውለው ቴክኒክ ላይ በመመስረት የፎሎጄኔቲክ ዛፍ የተለያዩ ቶፖሎጂዎች ሊኖሩት ይችላል። UPGMA እና ጎረቤት ዛፍን መቀላቀል ሁለት ዋና ዋና የፍየልጄኔቲክ ዛፎችን የሚገነቡ ዘዴዎች ናቸው።
UPGMA ምንድን ነው?
በባዮኢንፎርማቲክስ ውስጥ፣ የተለያዩ የክላስተር ቴክኒኮች አሉ። UPGMA ክብደት የሌለው ጥንድ ቡድን ዘዴ እና አርቲሜቲክ አማካይ ማለት ነው። ተዋረዳዊ የመቧደን ዘዴ ነው። ዘዴው በሶካል እና ሚቸነር አስተዋወቀ. የፋይሎጅኔቲክ ዛፍን የሚያዳብር በጣም ፈጣኑ ዘዴ ነው. የተገኘው የፍየልጄኔቲክ ዛፍ ሥር የሰደደ የዘር ቅድመ አያት ያለው ነው።
የ UPGMA ዘዴን በመጠቀም የፍየልጄኔቲክ ዛፍን በሚስሉበት ጊዜ የዝግመተ ለውጥ ዋጋ ለሁሉም የዘር ሐረጎች ተመሳሳይ እንደሆነ ይገነዘባል። ስለዚህ, ይህ በ UPGMA ቴክኒክ ውስጥ የተሰራ አስፈላጊ ግምት ነው. ይሁን እንጂ በዛፉ ግንባታ ወቅት የሚውቴሽን መጠን ግምት ውስጥ ስለማይገባ ይህ የቴክኒኩ ዋነኛ መሰናከል ነው. በምትኩ፣ የሚውቴሽን መጠኑን እንደ ቋሚነት ይቆጥራል። በተጨማሪም, ይህ መላምት "ሞለኪውላር ሰዓት መላምት" ተብሎ ይጠራል. ስለዚህ፣ በተጨባጭ ሁኔታ፣ ከUPGMA ዘዴ የተገነባው የፍየልጄኔቲክ ዛፍ ትክክለኛ እና አስተማማኝ ላይሆን ይችላል።
ሥዕል 01፡ ከUPGMA የተሳለ ፊሎሎጂያዊ ዛፍ
UPGMA ዘዴ የፍየልጄኔቲክ ዛፍ ለማምረት ጥንድ ጥበባዊ ርቀቶችን ግምት ውስጥ ያስገባል። መጀመሪያ ላይ እያንዳንዱ ዝርያ ክላስተር ነው, እና ትናንሽ የዝግመተ ለውጥ ርቀት ያላቸው ሁለት እንደዚህ ያሉ ስብስቦች ጥንድ ይመሰርታሉ. ስለዚህ, በሩቅ ማትሪክስ ላይ የተመሰረተ ነው. የአልጎሪዝም አገላለጾች የUPGMA ዘዴን በመጠቀም የተሳለውን የፍየልጄኔቲክ ዛፍ መረጃን ለመተርጎም ትልቅ ሚና ይጫወታሉ።
ጎረቤት የሚቀላቀለው ዛፍ ምንድን ነው?
የጎረቤት መቀላቀል ዛፍ ሌላው የፍየልጄኔቲክ ዛፍ ለማምረት የሚያገለግል የክላስተር ዘዴ ነው። ዘዴውን በማስተዋወቅ ረገድ ፈር ቀዳጆች ናሩያ ሳይቱ እና ማሳቶሺ ኒ ነበሩ። ቴክኒኩ ከ UPGMA በተለየ መልኩ ያልተሰበረ ዛፍ ይፈጥራል። በተጨማሪም በዚህ ዘዴ ውስጥ ያለው ስብስብ በአልትራሜትሪክ ርቀቶች ላይ የተመካ አይደለም. ሆኖም ግን, የፒልጄኔቲክ ዛፍን በሚገነቡበት ጊዜ የዝግመተ ለውጥ ደረጃዎችን ልዩነት ይመለከታል.ስለዚህ, ይህንን ዘዴ በመጠቀም በተሳሉት ዛፎች ላይ ልዩነቶች አሉ. ስለዚህ፣ ይህ ዘዴ እነዚያን ልዩነቶች ለመገምገም ልዩ የሂሳብ ስልተ ቀመሮችን ይጠቀማል።
ሥዕል 02፡ ከጎረቤት የተቀዳ የፋይሎኔቲክ ዛፍ የመቀላቀል ዘዴ
ዛፎቹን በሚገነቡበት ጊዜ ይህ ዘዴ በእያንዳንዱ የዘር ሐረግ መካከል ያለውን ርቀት ለየብቻ ይመለከታል። እያንዳንዱ የዘር ሐረግ በዛፉ ውስጥ አዲስ የተገነባውን መስቀለኛ መንገድ ይቀላቀላል. እነዚህ ሁሉ አንጓዎች ወደ ማዕከላዊው መስቀለኛ መንገድ ይቀላቀላሉ. ስለዚህ, አዲስ መስቀለኛ መንገድ በሚታይበት ጊዜ, ከማዕከላዊው መስቀለኛ መንገድ እስከ አዲሱ መስቀለኛ መንገድ ያለው ርቀት አስፈላጊ ነው እና ስልተ ቀመሮችን በመጠቀም ይሰላል. እነዚህ አልጎሪዝም ውሂብ የአዲሱን መስቀለኛ መንገድ አቀማመጥ ይወስናሉ።
በ UPGMA እና በጎረቤት መቀላቀል ዛፍ መካከል ያለው ተመሳሳይነት ምንድን ነው?
- ሁለቱም ዘዴዎች የፍየልጄኔቲክ ዛፎችን በሚገነቡበት ጊዜ ክላስተር ቴክኒኮችን ይጠቀማሉ።
- ከተጨማሪም ሁለቱም ዘዴዎች የፍየልጄኔቲክ ዛፍን ለመተርጎም የሂሳብ ስልተ ቀመሮችን መጠቀም ያስፈልጋቸዋል።
- የዲኤንኤ ተከታታይ ውሂብ በሁለቱም ዘዴዎች ውስጥ ወሳኝ ሚና ይጫወታል።
- ሁለቱም ዘዴዎች ከታች ወደ ላይ የማሰባሰብ ዘዴ ያስከትላሉ።
- ከተጨማሪም ትላልቅ የውሂብ ስብስቦችን መተንተን የሚቻለው ሁለቱንም ቴክኒኮች በመጠቀም ነው።
- የእስታቲስቲካዊ ዳታ ትንተና ለሁለቱም የዛፍ ዓይነቶች የቡትስትራፕ ዘዴን በመጠቀም ሊተገበር ይችላል።
- ሁለቱም ፍጥረታትን በመለየት እና በመለየት ረገድ ትልቅ ሚና ይጫወታሉ።
- ከተጨማሪ ሁለቱም ዘዴዎች ስለ ፍጥረታት የዝግመተ ለውጥ ግንኙነት መረጃ ይሰጣሉ።
በ UPGMA እና ጎረቤት በመቀላቀል ዛፍ መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
በ UPGMA እና በአጎራባች ዛፍ መቀላቀል መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት በተሰራው የዛፍ አይነት ላይ የተመሰረተ ነው። ስለዚህ UPGMA ሥር የሰደደ ዛፍ ሲያመርት ጎረቤት ግንድ ሲቀላቀል ያልተሰበረ ዛፍ ያመርታል። ከዚህም በላይ UPGMA በጣም አስተማማኝ ዘዴ ሲሆን ጎረቤት ዛፍን መቀላቀል ከ UPGMA የበለጠ አስተማማኝ ዘዴ ነው.ስለዚህ፣ ይህ በUPGMA እና በአጎራባች ዛፍ መቀላቀል መካከል ያለው ሌላ ልዩነት ነው።
ከታች ያለው መረጃ ግራፊክ በUPGMA እና በጎረቤት ዛፍ መቀላቀል መካከል ያለውን ልዩነት ያጠቃልላል።
ማጠቃለያ - UPGMA vs ጎረቤት የሚቀላቀለው ዛፍ
UPGMA እና ጎረቤት የዛፍ መቀላቀል ዘዴ ሁለት የፍየልጄኔቲክ ዛፍ በሚሠራበት ጊዜ ጠቃሚ የሆኑ ቴክኒኮች ናቸው። የ UPGMA ዘዴ የዝግመተ ለውጥን መጠን ግምት ውስጥ ባያስገባም, የጎረቤት መቀላቀል ዘዴ በዛፉ ግንባታ ወቅት ግምት ውስጥ ያስገባል. ስለዚህ, ከኤንጄ ዛፍ ዘዴ የሚመነጨው የፒልጄኔቲክ ዛፍ ውስብስብነት እና አስተማማኝነት ከፍተኛ ነው. ይሁን እንጂ እንደ UPGMA ዘዴ ፈጣን አይደለም. ከዚህም በላይ በ UPGMA እና በአጎራባች መቀላቀያ ዛፍ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት በእያንዳንዱ ቴክኒክ በተገኘው የዛፍ ዓይነት ላይ የተመሰረተ ነው. UPGMA ስር የሰደደ የፍየልጄኔቲክ ዛፍን ሲያስከትል ጎረቤት የዛፍ ዘዴን ሲቀላቀል ያልተሰበረ የፍየልጄኔቲክ ዛፍን ያስከትላል።
