በQTL እና GWAS መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት በትንተና ውስጥ ጥቅም ላይ በሚውሉት ቅደም ተከተሎች አይነት ላይ የተመሰረተ ነው። QTL ከብዙ ተዋልዶ ውርስ ጋር የተያያዙ ፍኖታዊ ባህሪያትን ለመተንተን linkage gene loci ይጠቀማል GWAS ደግሞ የአንድ የተወሰነ ሁኔታ ነጠላ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞፊዝምን ለመተንተን ሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተሎችን ይጠቀማል።
QTL ካርታዎች እና GWAS ለተለያዩ ባህሪያት በዘረመል ትንተና ውስጥ ትልቅ ሚና ይጫወታሉ። ከዚህም በላይ የተለያዩ የበሽታ ሁኔታዎችን በማይታወቅ ኤቲዮሎጂ ለመተንተን አስፈላጊ ናቸው. በተጨማሪም, ቅደም ተከተል በሁለቱም ዘዴዎች ውስጥ ቁልፍ ሚና ይጫወታል. እነዚህ ቴክኒኮች የበለጠ ትክክለኛነትን እና ትክክለኛነትን ለመጨመር ከሌሎች ከፍተኛ የመተላለፊያ ዘዴዎች ጋር ሊጣመሩ ይችላሉ።
QTL ምንድን ነው?
QTL የቁጥር ባህሪይ ቦታን ያመለክታል። ከፋኖታይፒክ ባህሪ ጋር የተያያዘ የዲ ኤን ኤ ክልል ነው. በአጠቃላይ፣ QTL የ polygenic ውጤቶች ያስከትላል። የQTL ዎች ስርጭት ይለያያል፣ እና የQTL ዎች ቁጥር የአንድ የተወሰነ ፍኖተፒክ ባህሪ ልዩነት ደረጃ ይጠቁማል። በተጨማሪም ፣በተለምዶ ከስር ቀጣይነት ያላቸውን ባህሪያት ኮድ ያደርጋሉ እንጂ የተለየ ባህሪ አይኖራቸውም።
የQTL ክልሎችን ሲለይ፣ የተወሰነ የQTL አካባቢን በቅደም ተከተል ማስቀመጥ አስፈላጊ ነው። ከዚህም በላይ ምርመራዎችን እና ምርምርን ቀላል ለማድረግ የጋራ QTL ክልሎችን ቅደም ተከተል መረጃዎችን በቅደም ተከተል ማስቀመጥ እና ማከማቸት የሚከናወነው በባዮኢንፎርማቲክስ ተሳትፎ ነው. ይህንን ዘዴ QTL ካርታ እንጠራዋለን። በመቀጠል፣ የውሂብ ጎታ ከQTL ክልል ቅደም ተከተሎች ጋር ይገነባል።
ምስል 01፡ QTL ቅኝት
ከተጨማሪ የQTL ተከታታይ አፕሊኬሽኖች በዋናነት በBLAST መሳሪያ ላይ ይመረኮዛሉ፣ ይህም ተከታታይ ተመሳሳይነት ሊታወቅ ይችላል። በኦርጋኒክ መካከል ያለውን ግንኙነት በመቀነስ ረገድ አስፈላጊ ነው. በተጨማሪም, የአንድ የተወሰነ የ polygenic phenotype ውስብስብነት ለመወሰን አስፈላጊ ነው. እንዲሁም የአንድ የተወሰነ ባህሪ ዝግመተ ለውጥን ይወስናል።
በአሁኑ ጊዜ የQTL ትንታኔ እንደ ዲኤንኤ ማይክሮራራይስ ካሉ ሌሎች ከፍተኛ የመተላለፊያ ዘዴዎች ጋር ተጣምሯል። ይህ በፍኖታይፕ አገላለጽ ትንተና ውስጥ አስፈላጊ ነው. በአሁኑ ጊዜ፣ QTL ክልሎች ለተለያዩ ዝርያዎች ጠቃሚ ባህሪያት ተጠያቂ ስለሆኑ ሳይንቲስቶች የQTL የውሂብ ጎታ ለማዘጋጀት በጣም ይፈልጋሉ።
GWAS ምንድን ነው?
GWAS የጂኖም ሰፊ ማህበር ጥናት ማለት ነው። እሱ ደግሞ አጠቃላይ የጂኖም ማህበር ጥናቶችን ይመለከታል። እነዚህ ጥናቶች በዋናነት በክትትል ጥናቶች ላይ ያተኩራሉ. ብዙውን ጊዜ ከአንድ የተወሰነ ባህሪ ጋር የተያያዙ የተለያዩ ግለሰቦችን የዘረመል ልዩነቶችን ይመረምራል። ከዚህም በላይ አጠቃላይ ጂኖም ለ GWAS ትንተና አስፈላጊ ነው.
ሥዕል 02፡ GWAS
GWAS ከተለያዩ የበሽታ ሁኔታዎች ጋር በተያያዙ ነጠላ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞፈርፊሞች ትንተና ውስጥ ጠቃሚ መሳሪያ ነው። ይህ በተለያዩ ነጠላ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞፈርፊሞች ላይ በሰፊ ህዝብ ላይ የተደረገ ንፅፅር ጥናት ነው። በተጨማሪም የ GWAS የጥናት ናሙና በጣም ከፍተኛ ነው; ስለዚህ፣ እንዲሁም የክፍል አቋራጭ የቡድን ጥናት ቅርጸትን ይወስዳል።
ከዚህም በላይ፣ የመጀመሪያው የGWAS ጥናት የተካሄደው የልብ ሕመምን (myocardial infarction)ን በሚመለከት እና ከ myocardial infarction ጋር የተያያዙ ጂኖችን በመተንተን ነው። በአሁኑ ጊዜ GWAS ከማይታወቅ ኤቲዮሎጂ ጋር የተወሳሰቡ በሽታዎችን የዘረመል ዳራ ለመወሰን ትልቅ ሚና ይጫወታል።
በQTL እና GWAS መካከል ያሉ ተመሳሳይነቶች ምንድን ናቸው?
- ለመተንተን በዲኤንኤ ቅደም ተከተሎች ውሂብ ላይ ይመካሉ።
- ሁለቱም ከተለያዩ ገጸ-ባህሪያት ጀነቲካዊ ዳራ ጋር የተቆራኙ ናቸው።
- ከዚህም በተጨማሪ ውጤቱን ለማወቅ እና ለመተርጎም ባዮኢንፎርማቲክስ መሳሪያዎች ያስፈልጋቸዋል።
- የሚከናወኑት በብዙ ሕዝብ ላይ ነው።
በQTL እና GWAS መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
QTL ከብዙ ተዋልዶ ውርስ ጋር የተያያዙ ፍኖታዊ ባህሪያትን የተገናኘ ዘረ-መል (ጅን) በመጠቀም ይተነትናል GWAS ደግሞ የአንድ የተወሰነ ሁኔታ ነጠላ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞፈርፊሞችን ሙሉ የጂኖም ቅደም ተከተሎችን በመጠቀም ይተነትናል። ስለዚህ ይህ በ QTL እና GWAS መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት ነው። ሙሉ የጂኖም ቅደም ተከተል ስለሚያስፈልገው የQTL ካርታ ስራ ከGWAS ያነሰ ውስብስብ ቴክኒክ ነው።
ከታች ያለው ኢንፎግራፊክ በQTL እና GWAS መካከል ያለውን ልዩነት በሰንጠረዥ መልኩ ያጠቃልላል።
ማጠቃለያ – QTL vs GWAS
QTL ካርታ ስራ እና GWAS የተለያዩ ፍኖተዊ ባህሪያትን የዘረመል ዳራ ለመወሰን ትልቅ ሚና ይጫወታሉ። እንዲሁም የተለያዩ በሽታዎችን የጄኔቲክ ዳራ ለመተንተን ይረዳሉ. የQTL ካርታ ስራ ለተከታታይ ባህሪያት ኃላፊነት ያላቸውን የግንኙነት ጂኖች ያሳያል፣ እና እንዲሁም የብዙ ጂኖች ውርስ ጂኖችን ማቀናበርን ያካትታል። GWAS፣ በሌላ በኩል፣ ለአንድ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞፈርፊሞች በሙሉ ጂኖም በመተንተን ይከናወናል። በተጨማሪም, ይህ በትልቅ ህዝብ ውስጥ ይከናወናል. ስለዚህ፣ ይህ በQTL እና GWAS መካከል ያለው ልዩነት ማጠቃለያ ነው።
