የቁልፍ ልዩነት - የኒክ ትርጉም vs ዋና ቅጥያ
Nick ትርጉም እና ፕሪመር ኤክስቴንሽን በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ የሚሰሩ ሁለት ጠቃሚ ቴክኒኮች ናቸው። በኒክ ትርጉም እና በፕሪመር ማራዘሚያ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት የኒክ ትርጉም ሂደት ለሌሎች የማዳቀል ቴክኒኮች ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎችን ሲያመርት የፕሪመር ማራዘሚያ ዘዴ ደግሞ የተወሰነውን የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ከድብልቅ ይለያል እና ስለ mRNA አገላለጽ መረጃን ያሳያል። ሁለቱም ቴክኒኮች ትልቅ ጠቀሜታ ያላቸው እና በመደበኛነት በሞለኪውላር ምርምር ቤተ ሙከራ ውስጥ ይከናወናሉ።
የኒክ ትርጉም ምንድን ነው?
Nick ትርጉም ለተለያዩ ሞለኪውላር ባዮሎጂካል ቴክኒኮች እንደ ማጥፋት፣በቦታ ማዳቀል፣ፍሎረሰንት በሳይቱ ማዳቀል ወዘተ የመሳሰሉትን ምልክት የተደረገባቸውን መመርመሪያዎች ለማዘጋጀት የሚያገለግል ጠቃሚ ዘዴ ነው።የዲ ኤን ኤ መሰየሚያ in vitro ዘዴ ነው። የዲኤንኤ ምርመራዎች የተወሰኑ የዲ ኤን ኤ ወይም አር ኤን ኤ ቅደም ተከተሎችን ለመለየት ጥቅም ላይ ይውላሉ. በተሰየመ መፈተሻ እርዳታ የተወሰኑ ቁርጥራጮች ከተወሳሰበ የኑክሊክ አሲድ ድብልቅ ምልክት ሊደረግባቸው ወይም ሊታዩ ይችላሉ። ስለዚህ, ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎች ለተለያዩ ቴክኒኮች ጥቅም ላይ የሚውሉ የተለያዩ ቴክኒኮችን በመጠቀም ይዘጋጃሉ. የኒክ ትርጉም በዲናሴ 1 እና በዲኤንኤ ፖሊመሬሴ 1 ኢንዛይሞች እገዛ ምልክት የተደረገባቸው መመርመሪያዎችን ከሚያመርት ዘዴ አንዱ ነው።
የኒክ የትርጉም ሂደት የሚጀምረው በDNase 1 ኢንዛይም እንቅስቃሴ ነው። ዲናሴ 1 በኒውክሊዮታይድ መካከል ያለውን የፎስፎዲስተር ቦንዶችን በማፍረስ በፎስፌት የጀርባ አጥንት ውስጥ የሚገኙትን ድርብ የተንጠለጠሉ ዲ ኤን ኤዎች ያስተዋውቃል። አንዴ ኒክ ነፃ ከተፈጠረ 3' OH ቡድን ኑክሊዮታይድ ይወጣል እና የዲ ኤን ኤ ፖሊመሬሴ 1 ኢንዛይም ይሠራል። የዲኤንኤ ፖሊሜሬሴ 1 ከ5' እስከ 3' exonuclease እንቅስቃሴ ኑክሊዮታይድን ከኒክ ወደ 3' አቅጣጫ ወደ ዲኤንኤው መስመር ያስወግዳል። በተመሳሳይ ጊዜ የዲ ኤን ኤ ፖሊሜሬሴ 1 ኢንዛይም የፖሊሜራሴ እንቅስቃሴ ይሠራል እና የተወገዱ ኑክሊዮታይዶችን ለመተካት ኑክሊዮታይድ ይጨምራል።ኑክሊዮታይዶች ምልክት ከተደረገባቸው, መተኪያው በተሰየሙት ኑክሊዮታይዶች ይከሰታል እና ለመለየት ዲ ኤን ኤ ላይ ምልክት ያደርጋል. ይህ አዲስ የተቀናጀ ምልክት የተደረገበት ዲ ኤን ኤ በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ በተለያዩ የማዳቀል ምላሾች ውስጥ እንደ መመርመሪያ ሊያገለግል ይችላል።
ሥዕል 01፡ የኒክ ትርጉም ሂደት
የፕራይመር ቅጥያ ምንድን ነው?
የፕራይመር ኤክስቴንሽን ከአር ኤን ኤ ቅይጥ የተወሰነ የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ለማግኘት እና የኤምአርኤን ግልባጩን 5' ጫፍ ለማግኘት የሚያገለግል ዘዴ ነው። እንዲሁም የአር ኤን ኤ እና አገላለጽ አወቃቀሮችን ለማጥናት ይጠቅማል። የፕሪመር ማራዘሚያ ዘዴ የሚከናወነው በተሰየሙ ፕሪመር ወይም በተሰየሙ ኑክሊዮታይድ ነው. ምልክት የተደረገባቸው ፕሪመርሮች ጥቅም ላይ ከዋሉ, ለ cDNA ውህደት የሚያገለግሉ ኑክሊዮታይዶችን የመለያ አስፈላጊነትን አያካትትም.በዚህ ዘዴ ውስጥ በርካታ ደረጃዎች አሉ. ከናሙናው አር ኤን ኤ በማውጣት ይጀምራል። ከዚያም የተለየ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ያለው ሲዲኤን ለማዋሃድ አስፈላጊ ከሆኑ ንጥረ ነገሮች ጋር አንድ ላይ ምልክት የተደረገበት oligonucleotide primer ወደ ድብልቅው ውስጥ ይጨመራል። ፕሪመር አኒሎች ከተጨማሪ ቅደም ተከተል ጋር ከድብልቅ። የኢንዛይም ሪቨርስ ትራንስክሪፕትሴዝ የአር ኤን ኤውን ቅደም ተከተል ማሟያ ዲ ኤን ኤ (ሲዲኤን) ያዋህዳል። የፕሪመር ማደንዘዣ እና የተገላቢጦሽ ግልባጭ የሚከሰቱት ልዩ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል በናሙና ውስጥ ሲገኝ ብቻ ነው። በመጨረሻም ጄል ኤሌክትሮፊዮራይዝስ denaturing ሲደረግ, የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል መጠን ሊታወቅ ይችላል. እንዲሁም በፕሪመር ማራዘሚያ ዘዴ የኤምአርኤን (የጽሑፍ ማስነሻ ቦታ) ቅደም ተከተል +1 መሠረት ማግኘት ቀላል ነው። ከመጠን በላይ ፕሪመር ጥቅም ላይ ከዋለ በናሙናው ውስጥ ያለው የኤምአርኤንኤ መጠን በዚህ ዘዴ ሊለካ ይችላል።
ምስል 02፡ ዋና ቅጥያ
በኒክ ትርጉም እና ፕሪመር ኤክስቴንሽን መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick ትርጉም ለተለያዩ የማዳቀል ምላሾች የተሰየሙ የDNA መመርመሪያዎችን የሚፈጥር ሂደት ነው። | የፕሪመር ኤክስቴንሽን የተለየ አር ኤን ለማግኘት ወይም የጂን አገላለጽ ለማጥናት የሚያገለግል ዘዴ ነው። |
| ኢንዛይሞች ያገለገሉ | |
| DNase 1 እና DNA polymerase ኢንዛይሞች ጥቅም ላይ ይውላሉ። | በግልባጭ ትራንስክሪፕትሴዝ ኢንዛይም ጥቅም ላይ ይውላል። |
| አስፈላጊነት | |
| Nick ትርጉም የተወሰነ የዲኤንኤ ቅደም ተከተል ምልክት ለማድረግ ያመቻቻል። | ዋና ቅጥያ የተወሰነ የኤምአርኤን ቅደም ተከተል መጠን እና በናሙናው ውስጥ ያለውን መጠን ለማወቅ ያስችላል። |
ማጠቃለያ - የኒክ ትርጉም vs ፕሪመር ቅጥያ
Nick ትርጉም በDNase 1 እና E coli DNA polymerase 1 ኢንዛይሞች እንቅስቃሴ ላይ በመመስረት ምልክት የተደረገባቸውን መመርመሪያዎችን ለማዋሃድ የሚያገለግል ዘዴ ነው። ከተለያዩ የማዳቀል ቴክኒኮች በፊት በቤተ ሙከራ ውስጥ የሚሠራ ኢንቪትሮ ዘዴ ነው። በኒክ ትርጉሙ ወቅት፣ የዲኤንኤ ፖሊመሬሴ 1 5'-3' exonuclease እንቅስቃሴ ከኒክ ቀድመው ያስወግዳል እና የዲ ኤን ኤ ፖሊመሬሴስ እንቅስቃሴ 1 የተወገዱ ኑክሊዮታይዶችን ከኒክ ጀርባ በተሰየሙ ኑክሊዮታይዶች ይተካል። ፕሪመር ኤክስቴንሽን አንድ የተወሰነ የአር ኤን ኤ ግልባጭ ከድብልቅ ለመለየት እና የወለድ አር ኤን ኤ መጠን እና መጠን ለመለካት የሚያገለግል ዘዴ ነው። ይህ በኒክ ትርጉም እና በፕሪመር ቅጥያ መካከል ያለው ልዩነት ነው።
