የቁልፍ ልዩነት – Blunt vs Sticky End Ligation
የመገደብ ኢንዶኑክሊዝስ ድርብ-ክር ያለው ዲኤንኤ (dsDNA) የሚቆርጡ ልዩ ኢንዛይሞች ናቸው። በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ ሞለኪውላር መቀስ በመባል ይታወቃሉ። ገደብ ኢንዛይሞች የማወቂያ ጣቢያዎች በመባል የሚታወቁትን የ dsDNA አጫጭር ቅደም ተከተሎችን መለየት እና ፎስፎዲስተርን እና ሃይድሮጂን ቦንዶችን ሁለት ክሮች ለመክፈት ይችላሉ። በነዚህ ኢንዛይሞች መሰባበር ምክንያት የዲ ኤን ኤ ፍርስራሾች የሚመረቱት እንደ ተለጣፊ ጫፎች እና ጠፍጣፋ ጫፎች ባሉ የተለያዩ አይነት ጫፎች ነው። ዲ ኤን ኤ ሊጋዝ በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ አዲስ ትስስር በመፍጠር ሁለት ተያያዥ የዲ ኤን ኤ ክሮች ለመቀላቀል የሚያገለግል ኢንዛይም ነው።እርምጃው ligation በመባል የሚታወቅ ሲሆን እንደ ዲኤንኤው መጨረሻ ligated ዓይነት፣ blunt end ligation እና sticky end ligation ተብለው ሊጠሩ ይችላሉ። በጠፍጣፋ እና በሚያጣብቅ የፍጻሜ ማያያዣ መካከል ያለው ቁልፍ ልዩነት በዲ ኤን ኤ ፍርስራሾች መካከል ሁለት ጠፍጣፋ ጫፎች ሲይዙ ተለጣፊ የመጨረሻ ligation ግን በ 5' እና 3' overhangs መካከል ይከሰታል። ከጠፍጣፋ መጨረሻ ligation ጋር ሲነጻጸር፣ ተለጣፊ መጨረሻ ligation የበለጠ ቀልጣፋ እና የተረጋጋ ነው።
ብሉንት መጨረሻ ሊግሽን ምንድን ነው?
አንዳንድ ገደቦች ኢንዶኑክሊዝስ ዲኤንኤውን በተቃራኒው መሠረቶች ቆርጦ ጠፍጣፋ የዲ ኤን ኤ ቁርጥራጮችን ሊፈጥር ይችላል። እነዚህ ኢንዛይሞች blunt መጨረሻ ጠራቢዎች በመባል ይታወቃሉ; ነጠላ የተንጠለጠሉ የተንጠለጠሉ መሠረቶችን ሳይለቁ በቀጥታ ወደ እገዳው መሃል ይጣበቃሉ። ጫፎቹ ላይ 3' እና 5' በላይ የተንጠለጠሉ መሠረቶች ስለሌላቸው ብሉንት ጫፎች የማይንጠለጠሉ በመባል ይታወቃሉ። ሁለቱም ክሮች ከመሠረታዊ ጥንዶች በጠፍጣፋ ጫፎች ይቋረጣሉ. የተለመዱ ብላንት መጨረሻ መቁረጫ ኢንዛይሞች EcoRV HaeIII፣ AluI እና SmaI ናቸው።
Blunt end ligation በሁለት ጠፍጣፋ ጫፎች መካከል ይሳተፋል። ጎልተው የሚወጡ መሰረቶች ማሰሪያ አይደለም። ይህ ማሰሪያ ከተጣበቀ የጫፍ ማሰሪያ ያነሰ ውጤታማ ነው። ነገር ግን፣ በአንዳንድ አጋጣሚዎች፣ blunt end ligation ከተጣበቀ የኋለኛ ክፍል በተለይም የ PCR ምርቶችን በሚያገናኙበት ጊዜ የበለጠ ጠቃሚ ይሆናል። የ PCR ምርቶች ሁልጊዜ የሚመረቱት በጠፍጣፋ ጫፎች ነው. የብልጭታ መጨረሻ ligation በዲ ኤን ኤ ውስጥ ለሊጌሽን ተጨማሪ ጫፎችን አይፈልግም።
ሥዕል 01፡ የደነዘዘ ምርት በEco RV ኢንዛይም
የተለጣፊ መጨረሻ ሊግሽን ምንድነው?
አንዳንድ ገደቦች ኢንዶኑክሊየስ ዲኤስዲኤንኤን ለመቁረጥ ይችላሉ፣ ይህም አንድ የተንጠለጠለ ነጠላ-ክር ያለው ዲኤንኤ መጨረሻ ላይ ይተዋል። እነዚህ ጫፎች የሚለጠፉ ወይም የተንጠለጠሉ ጫፎች በመባል ይታወቃሉ። ተለጣፊ የጫፍ ማሰሪያ በሁለት የዲኤንኤ ቁርጥራጮች መካከል የሚገጣጠም መደራረብ በያዙት መካከል ይከሰታል ምክንያቱም ተለጣፊ ጫፎቹ ያልተጣመሩ መሰረቶች ስላሏቸው እና ትስስር ለመፍጠር ተጨማሪ መሰረቶችን ስለሚፈልጉ ነው።ስለዚህ ፣ተዛማጁ መገጣጠሚያ ቁርጥራጮችን ለማምረት ለሁለቱም የዲኤንኤ ምንጮች ተመሳሳይ ገደብ ኢንዛይም መጠቀም ያስፈልጋል።
Sticky end ligation የበለጠ ቀልጣፋ እና ብዙ ጊዜ በክሎኒንግ ሂደቶች ውስጥ በጣም ተፈላጊ ነው። ተጣባቂ ጫፎችን የሚያመርቱ በርካታ ገደቦች ኢንዛይሞች አሉ። EcoRI፣ BamHI፣ HindIII ወዘተ ናቸው። ናቸው።
ምስል 02፡ ተለጣፊ የመጨረሻ ምርት በኢኮ RI ኢንዛይም
በብሉት እና ተለጣፊ መጨረሻ ሊግሽን መካከል ያለው ልዩነት ምንድን ነው?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Blunt end ligation የሚከሰተው በሁለት ጠፍጣፋ የDNA ቁርጥራጮች መካከል ነው። | የሚያጣብቅ የፍጻሜ ligation በሁለት ተዛማጅ የDNA ቁርጥራጮች መካከል የሚጣበቁ ጫፎች ይፈጠራሉ። |
| ኢንዛይሞች | |
| Blunt መጨረሻ ቆራጮች ጠፍጣፋ ጫፎች ያፈራሉ። | የሚጣበቁ የጫፍ መቁረጫዎች ተጣባቂ ወይም የተጣበቁ ጫፎችን ያመርታሉ። |
| የማዛመጃ መስፈርት ያበቃል | |
| የተዛማጅ ቁርጥራጮችን ወይም ተጨማሪ መሰረት አይፈልግም። | ቤዝ ጥንዶችን ለመመስረት ጫፎቹ ላይ ተጨማሪ መሰረቶችን ይፈልጋል። |
| ቅልጥፍና | |
| ከሚያጣብቅ የጫፍ ማሰሪያ ያነሰ ውጤታማ ነው | ከደመቀ መጨረሻ ligation የበለጠ ቀልጣፋ ነው። |
ማጠቃለያ - Blunt vs Sticky End Ligation
የመገደብ ኢንዶኑክሊዝስ ዲኤስኤንኤን ሰንጥቆ የተለያየ ጫፍ ያላቸው የዲኤንኤ ቁርጥራጮችን መፍጠር ይችላሉ።የተወሰኑ ቅደም ተከተሎችን ይገነዘባሉ እና ተለጣፊ እና ደብዛዛ ጫፎችን ለመፍጠር ዲ ኤን ኤ ይገድባሉ። የተጣበቁ ጫፎች በቅንጦቹ መጨረሻ ላይ ያልተጣመሩ መሰረቶች አሏቸው. ጠፍጣፋ ጫፎች የሚፈጠሩት ቀጥ ባለ ስንጥቅ ምክንያት ነው እና ጫፎቹ ላይ የመሠረት ጥንዶች አሏቸው። ተለጣፊ የጫፍ ማሰሪያ ሁለት ተጨማሪ ነጠላ-ክር የሆኑ የዲ ኤን ኤ ቁርጥራጮችን ይፈልጋል። ግርዶሽ መጨረሻ ligation በማንኛውም ሁለት blunt መጨረሻ ቁርጥራጮች መካከል ይከሰታል. ይህ በጠፍጣፋ እና በተጣበቀ ligation መካከል ያለው ልዩነት ነው።
